La Metagenomica studia l’insieme dei genomi di ogni organismo presente in un determinato campione ambientale o clinico. Il sequenziamento del Metagenoma fornisce la determinazione dell‘abbondanza relativa e l’identificazione dei microrganismi presenti in un campione.

Le nostre soluzioni includono:

Sequenziamento di Ampliconi

Un marcatore informativo (come il gene 16S o 18S rRNA) viene amplificato mediante PCR e sequenziato. L’utilizzo di un marcatore permette di monitorare le popolazioni consentendo di conoscere la composizione tassonomica e la struttura filogenetica di una comunità microbica (16S) e/o fungina (18S) espressa come OTU (Unità Tassonomica Operazionale).

Sequencing Shotgun

Con questa tecnica il DNA è estratto e frammentato in modo casuale prima del sequenziamento. Le informazioni così ottenute consentono d’individuare nuovi membri, nuovi geni e risolvere tassonomie complesse

In generale, le applicazioni di sequenziamento del metagenoma sono:

  • Analisi dell’abbondanza relativa di specie microbiche nelle diverse condizioni ambientali
  • Scoperta di nuovi geni e predizione funzionale delle specie non coltivabili

Progetti in corso

  • 16S Amplicon Sequencing for Antibiotic Therapeutics Strategies in Swine
  • 16S Amplicon Sequencing and Analyses for the characterization of Upper respiratory infections in Humans